Выдается по требованию, но в момент или хотя бы период (месяц) происхождения оплаты или поставки, но не через 3 года. Он не уведомил вас, что плательщик НДС, вы отражали НО с ХХХ, он виноват сам, что прощелкал свой НК. Или они 3 года отражали НК без НН?!
/а будут ли иметь документы с новой печатью юридическую силу/ - думаю, что нет, но если этого клиента вам так необходимо ублажить, то ублажите под его официальный запрос и согласие. Но если он сейчас начнет отражать эти НН в отчете, то ему явно все поснимают, но раз он так хочет...