По старому Закону о прибыли, если предприятие создает филиал в середине календарного года, то до момента подачи в налоговую заявления на консолидированный налог (см. п. 2.1.3 о сроках подачи такого заявления) по головному предприятию и по филиалу ведется отдельно налоговый учет. В Вашем случае заяву на консолидированный налог Вы должны подать до 1 июля 2011 г., момент расчета консолидированного налога наступает с 1 января 2012 г.
В новом налоговом кодексе, в отличии от старого Закона о прибыли, четко говорится, что если на начало года предприятие не имело филиалов, а создало его (их) на протяжении года, то может и среди года принять решение об уплате консолидированного налога и поставить в известность налоговую в течении 20 дней с момента принятия такого решения(см. п. 152.4 Кодекса).
Если нет консолидированного налога, то филиал в ГНИ по месту своей регистрации сдает полноценную декларацию на прибыль сам за себя, ну и еще коммунальный будет за 2010 г. и 1-ДФ(если будет в 2010 г. начисление ЗП по филиалу).
В Лиге есть много материалов по филиалам и по ведению бухучета и налогового учета, надо много читать, в 2-х словах не расскажешь.
Если в положении о филиале оговорено, что бухгалтерия ведется централизовано в головном офисе, то можно оговорить, что данные бух.учета филиала входят в сводный баланс предприятия. Тогда баланс подает только головное предприятие в свою статистику.
В 1С введя в справочник "Фирмы" отдельно головное предприятие, отдельно филиал - можно делать все оборотки, карточки, как для каждого филиала отдельно, так и в целом по предприятию.
Если бухгалтерия централизованная, то по фондам регистрироваться не надо, все сотрудники входят в списочные состав предприятия. Кадры ведет головной офис и трудовые книжки находятся там же. А по НДФЛ подаете 1-ДФ и платите его в местный бюджет по месту регистрации филиала (я так поняла филиал внесен в ЕДРПОУ и имеет свой код?)