Если безбалансовый , начисление зарплаты ведется централизованно в бухгалтерии головного предприятия, то:
В соц.фонды подавать отчеты не нужно по месту регистрации филиала.
Насколько я знаю, если филиалу присвоен код ЕГРПОУ, то подается 1 ДФ и коммунальный по месту регистрации филиала.
НДФЛ и коммунальный платится в местный бюджет где филиал расположен.
Если филиал не имеет кода ЕГРПОУ, то 1ДФ подается отдельной порцией по месту регистрации головного предприятия