У предприятия основной КВЭД - инжиниринговые услуги, но фактически занимается другими видами деятельности: монтаж конструкций, изготовление спецтехники (в таком духе).
Стоит ли менять основной КВЭД и чем это чревато с новым налоговым кодексом?

поднимаю вопрос

В принципе стоит. И дело скорее тут не в налоговом кодексе, а в лицензированиии и сертификации спецтехники

Лицензированию и сертификации не подлежит

Зачем рисковать? Замена КВЭД - копейки...

А причем здесь КВЕД? Если вам платят за работы не подлежащие обложению НДС, то вы НДС не начисляете в любом случае, независимо от того какой КВЕД у вас основной и какие еще КВЕДы открыты. Все ж зависит от сути проводимой операции. КВЕД больше влияет, например, на % по единому соц. взносу.