ТОВ создано в 2006 г. проверок налоговой и фондов до 2011 г. не было. Можем ли мы написать приказ о уничтожении первичных бух.документов за 2006-2007 гг. в связи с истечением срока хранения (3 года). Если да, то попадают ли сюда договора, главная книга, отчетность?

Не можете. Уничтожить первичные документы можно только после проведения проверки. И то не все. Документы по начислению зарплаты хранятся 50 лет и более.
У Пенсионного и прочих фондов вообще нет срока давности. Могут проверять все время с момента создания предприятия.
Читайте детально приказ Главного архивного управления при КМУ N 41 від 20.07.98

Нас несчаСТный случай прверял с 2001г ( фирма с 1998г работает)

Дело не в том: это социальные гарантии, вы обязаны выдавать справки о зарплате своим сотрудникам, когда-либо у вас работавшим. Человек через 20 лет вспомнит, что у вас проработал полгода, и потребует справку. При закрытии фирмы все зарплатные документы сдаются в архив.

.............................................................................................................................................................
Проявить мудрость в чужих делах куда легче, нежели в своих собственных.
Ф. Ларошфуко

А если хотите уничтожить что-то по линии налоговой - пишите письма. Просим разрешить и т.д. Во всяком случае, так советуют юристы. Публиковалось что-то на эту тему.

.............................................................................................................................................................
Проявить мудрость в чужих делах куда легче, нежели в своих собственных.
Ф. Ларошфуко

Совершенно верно п.Карло говорит. Документы длительного строка хранения нужно заархивировать ,а документы с истекшим сроком можно уничтожить только после проверки с составлением акта об уничтожении и утверждения его в госархиве.

Архивная обработка документов, уничтожение документов, переплетные работы.
(044)537-1023, (068)355-0250.