если я правильно понимаю то карточный счет = еще один безналичный счет для предприятия, с единственным отличием, что его явным преимущество есть легкое обналичивание денежных средств.
Заводите еще один счет в 1с как 311 и следите за остатком вовремя подшиваете те же выписки и прикладываете для отражения расходов подтвердительные документы.
И при этом не заморачиваетесь о том что может быть превышен остаток как в касе и все.