Законодавством не передбачено застосування штрафних санкцій за непроведення індексації доходів працівників безпосередньо до підприємства. Навіть той факт, що індексація включається до складу додаткової заробітної плати та підлягає оподаткуванню ПДФО і включається до бази нарахування страхових внесків до фондів соціального страхування, не дає права податковій інспекції та іншим контролюючим органам застосовувати штрафні санкції за заниження сум податку і страхових внесків через непроведення індексації.
Лише у випадку, коли підприємство проіндексувало та нарахувало відповідні суми, але не утримало (не нарахувало) податку і страхових внесків, до нього можуть бути застосовані штрафні санкції за неутримання (нена-рахування) податку та страхових внесків із сум нарахованої індексації доходів.
Водночас на осіб, які винні у непроведенні індексації, може бути накладено адміністративне стягнення. Фактично виплата доходів без їх збільшення на суму індексації є виплатою доходу у неповному обсязі. Згідно зі ст.41 КпАП за порушення у сфері оплати праці, до яких належить виплата заробітної плати у неповному обсязі, затримання виплати заробітної плати тощо, винні особи притягуються до адміністративної відповідальності у вигляді штрафу у розмірі від 15 до 50 нмдг (від 255 гри. до 850 грн.). До такої адміністративної відповідальності винних осіб може притягнути інспекція з праці відповідних управлінь органів місцевого самоврядування.