Как Вам нравится, так и складываете документы. Главное, чтобы Вы их могли найти.
Выписки из банка обязательно брать и при наличии клиент-банка.
Ведомости по начислению з/п надо распечатывать, потому как их проверка смотрит, а не только ведомости выплаты.
Всякие там оборотки с информацией для налогового учета, если не верите в "вечную жизнь" своего программного обеспечения, рекомендую распечатывать.
Если есть касса, распечатываете кассовую книгу, в конце года сшиваете (если есть желание, покупаете книгу и пишете от руки).