Сделали следующие операции как советовала Цветик:
"В справочнике «Необоротные активы» добавляем объект «Курсовая разница на 01.04.2011», Вид НА «ОС», Счет учета 109, Первонач. Стоимость «0», в закладке «Дополнительно» Счет и вид затрат ставим 949 и выбираем из справочника «статьи затрат по налогу на прибыль» 1081 «Амортизация врем.нал.разниц на 01.04.11», Группа «17», метод расчета «Прямолинейное списание», Срок полезного использования 36 мес.
Создаем документ от 31.03.2011 "Корректировка остатков НА», в поле НА выбираем из справочника объект «Курсовая разница на 01.04.2011», место хранения «склад», вид затрат выбираем из справочника «статьи затрат по налогу на прибыль» 1081 «Амортизация врем.нал.разниц на 01.04.11», потом выбираем «заполнить». В графах метод расчета износа, группа и срок использования проставляете согласно нового НКУ."
После этого у нас идет по одному из предприятий отрицательный остаток по 109 счету, а по другму предприятию - положительный! Разве так должно быть???