имхо, нужно делать перерасчет по всем работникам, неважно была ли НСЛ или ставка 17%.
169.4.2. Роботодавець платника податку зобов'язаний здійснити, у тому числі за місцем застосування податкової соціальної пільги, з урахуванням положень абзацу третього пункту 167.1 статті 167 цього Кодексу, перерахунок суми доходів, нарахованих такому платнику податку у вигляді заробітної плати, а також суми наданої податкової соціальної пільги:
а) за наслідками кожного звітного податкового року під час нарахування заробітної плати за останній місяць звітного року;
б) під час проведення розрахунку за останній місяць застосування податкової соціальної пільги у разі зміни місця її застосування за самостійним рішенням платника податку або у випадках, визначених підпунктом 169.2.3 пункту 169.2 цієї статті;
в) під час проведення остаточного розрахунку з платником податку, який припиняє трудові відносини з таким роботодавцем