Фактически бухгалтер должен помнить и ежемесячно проверять, что суммы НДС, отраженные в обязательствах по НДС, должны показываться по кредиту субсчета 641/НДС (для удобства будем считать, что у нас это субсчет 6415), а суммы НДС, на которые налогоплательщик имеет право уменьшить налоговое обязательство по НДС отчетного периода согласно законодательству (НК по НДС), при наличии таможенных деклараций или налоговых накладных проводятся по дебету субсчета 6415. Хорошо еще эти же суммы сверять и с Реестром полученных и выданных налоговых накладных за соответствующий отчетный период. И эти суммы будут формировать и декларацию по НДС за такой же период.
Как же все-таки исправить ситуацию и привести в соответствие субсчет 6415, где учитываются расчеты с бюджетом по НДС? Если данные, отраженные в бухгалтерском учете, не согласуются с данными, отраженными в налоговом учете, то, по мнению автора, налицо бухгалтерская ошибка, которую можно исправить с помощью бухгалтерской справки методом «сторно». Поскольку в дебет субсчета 6415 была отнесена та часть сумм НДС, которые на самом деле предприятие не показывало к возмещению, то стоит сторнировать эти суммы с дебета счета 6415 с кредитом 377, а затем отразить их списание за счет других расходов операционной деятельности на субсчете 949. Использование субсчета 377 связано с тем, что суммы, ошибочно отнесенные к дебету расчетов с бюджетом из НДС, касается именно НДС, уплаченного на таможне. Поэтому как вариант именно субсчет 377 должен быть использован, поскольку на нем учитываются расчеты с таможней (используем субсчет, где учитываются расчеты с таможней). Если же мы хотим с дебета субсчета 6415 забрать суммы НДС по расчетам с нашим поставщиком, а предварительно эти суммы туда попали с кредита субсчета 644 или 631, то соответственно сторно нужно делать с этими субсчетами. Правильной будет проводка: дебет расходного счета с кредитом предварительно использованного субсчета. Если исправление относится к прошлым годам, то можно сторнировать суммы с дебета субсчета 6415 непосредственно с кредитом счета 44.