Вы верно рассуждаете.. но.. как мыслит налоговая...
Ей нужно уверенность в том, что предприниматель который вас вез работает по своему основному виду деятельности ( поэтому и требуют свидетельство, а вдруг он занимается вышивкой панно крестиком, и занимается извозом нелегально
)) ну и заплатил налог ( подтверждение квитанция).
Поэтому бухгалтерия и собирает нужные доказательства.
В вашей ситуации , цитирую : " а если она была последней в этот день, то из-за того, что водитель не оплатил налог, нужно искать гостиницу и ночевать, лишь бы не ехать в такой маршрутке" - почему - вы вольны садиться как посчитаете нужным.. просто бухгалтер не сможет отнести такие расходы к валовым, поскольку есть сомнения на предмет недостаточности документов, и предприятие вам компенсирует данные расходы.. но за счет собственных средств.... и это может трактоваться как дополнительное благо работника.
То еесть совершать можно все - вопрос только отражения, учета и налогов