Предприятие на едином налоге, IT услуги.
Посатвщик хочет платить через систему moneybookers. Это возможно как-то официально провести?

Непонятно: Вам принять или отправить надо деньги? С заграницей или по Украине?
Для предприятий большинство систем электронных расчетов неприменимы. Что самоочевидно часто на этапе регистрации: у них и опций не присутствует юр.лицо - резидент Украины. Это очень редкая система, у нас больше про вебмани расписано.

Мне нужно принять деньги. Из США.

ИМХО на предприятие - нельзя, на физлицо только. Если и можно, то чревато разными проблемами.
ВЭД-расчеты осуществляются только через банки согласно контрактам. Из чего следует, что эта система или должна не засвечивать иностранное происхождение платежа (получите платеж в грн.) или документооборот слишком сложен.
Обычно такие вопросы задают техподдержке системы: или у них есть договор на вывод денег (тогда его Вам дадут) или скажут, что услуга недоступна для Украины.