Наше підприємство в січні 2012 року отримало від Покупця попередню оплату 1000 грн. за товар, який звільняється від оподаткування ПДВ згідно ст. 197.1.27 Податкового кодексу України. Але Покупець цей товар не отримав. В травні 2012 року він придбаває в нас товар на суму 1000 грн., який оподатковується ПДВ. А суму попередньої оплати 1000 грн., просить зарахувати в рахунок оплати товару, відвантаженого в травні 2012 року.
Питання:
1.Коли в такому разі в нас виникає податкове зобов'язання з ПДВ?
2. Як краще оформити ці операції, може двома договорами?

У Вас же в січні не виникло под. зобов'язання?Тоді, думаю, двома договорами. На першу проплату зробила би коригування, і попросила би від Покупця офіційного листа типу "Просимо проплату в сумі 1000,00 здійснену ... січня згідно договору № 1 від ... січня ВВАЖАТИ ЯК ПРОПЛАТУ згідно договору № 2 від ...травня.
І под. зобов'язання буде травнем.