По предоплате выписала НН на 100шт. по цене 10грн. При отгрузке поменялось и количество и цена. РК разрешает корректировать или цену или количество. Подскажите, как быть в этой ситуации?

Тогда попробуйте выписать два РК: с начала на кол-во, а потом на цену.