Если в законадательстве сейчас прямое указание когда налог считается уплаченым? В момент подачи платежного поручения в банк или в момент зачисление средств на счета казначейства?

Конечно, в момент зачисление средств на счета казначейства, то есть когда банк провел платеж.Ведь Вы можете платежку подать, а на счете зеро.Ну и когда банк-клиентом отправляем платеж, то не считается оплата, пока даже написано " В банке"(по аналогии поданной платежки). Аж пока не засветится " Проведено".

А если деньги на счету были, написано проведено, платежку распечатал, банк заверил, в выписке платеж есть, но только в казначейсво поступило через 7 дней после списания с нашего счета. Тогда как?

Если в выписке платеж есть, то за это банк несет ответственность, а не предприятие.
См. ЗДЕСЬ похожий вопрос.