Как ни странно, но ГНИ в данном случае права. Были доки и они должны были отобразится в учете - и в бухгалтерском и в налоговом. А то что нет документов в наличии, так вот же акт выемки, где расписаны все изъятые документы: вид, номер, дата, наименование контрагента, общая сумма.
Еще зависит, что это было: доходы или расходы? Если доходы, то ничего поделать нельзя, а если расходы, то если нет еще никакого акта, а только слова ГНИ, то пробуйте договариваться.