Посчитайте все доходы без НДС (Сумма актов, накладных (расходных) + может какие-то специфические доходы) - это у вас будет доходом.
Потом таким же макаром входящие акты, себестоимость проданых товаров (не представляю если честно как это вручную раньше делалось), какие-то затрвты на банковское обслуживание, списание материалов, топлива и т. п. - это будет затратная часть. Разница - прибыль.
Но это очень грубо.
Может чтобы облегчить себе создайте таблички в Екселе и повписывайте туда все эти цифры, чтобы потом не запутаться что включали а что нет.