А полученные НН обязательно надо подтверждать или отклонять, это на что-то влияет? Позвонил продавец, потребовал подтвердить или отклонить. Разве без этого она недействительна?

ну не обязательно но желательно, как подтверждение того что вы проверили и согласны с этой накладной

ДА ОНИ ВООБЩЕ УТВЕРЖДАЮТ, ЧТО БЕЗ МОЕГО ПОДТВЕРЖДЕНИЯ У НИХ ТАМ ВСЕ ПРОПАДЕТ

Некоторые, насколько я знаю, сначала вам отправляют НН, вы ее подтверждаете и только после вашего подтверждения они смогут ее зарегестрировать.