В апреле сотрудник пользовался НСЛ, а в мае и июне утратил на это право. В данном случае на него нужно заполнить две строки в 1ДФ (в одной доход апреля и НДФЛ с учетом льготы, а во второй доход мая и июня и НДФЛ без учета льготы)?

Нет.
Две строки и больше на одного человека заполняются если у него в отчетном периоде 2 и больше видов дохода либо на один вид дохода припадает несколько льгот.
А если один вид дохода и к нему применяется одна льгота, то на него заполняется одна строчка. Главное правильно указать НДФЛ.

Льгота одна. Но она то применяется, то не применяется...
При формировании 1ДФ в 1С, на этого сотрудника заполняется 2 строки...

Natalie , у меня так же разбивает программа на 2 строки, правда я в Акценте работаю. Так и сдаю, но больше склоняюсь что таки надо одной строчкой,здесь смотря как порядок заполнения трактовать

Да, и у меня 1С тоже формировал 2 строки в таком случае.
Но потом нашла ответ на этот вопрос в ЗИРе:
У разі якщо в одному з місяців кварталу працівник не мав права на отримання податкової соціальної пільги, то в податковому розрахунку за ф. 1ДФ заповнюють лише один рядок, в якому зазначають відповідну ознаку пільги.
Повна:
Порядок заповнення та подання податковими агентами Податкового розрахунку сум доходу, нарахованого (сплаченого) на користь платників податку, і сум утриманого з них податку затверджено наказом Міністерства фінансів України від 13.01.2015 № 4 (далі – Порядок).
Відповідно до п. 3.6 розд. ІІІ Порядку щодо кожної фізичної особи потрібно заповнювати стільки рядків, скільки ознак доходів вона має. Про кожну ознаку доходу фізичної особи потрібно заповнювати тільки один рядок з обов’язковим заповненням графи 2 «Податковий номер або серія та номер паспорта», крім випадків, зазначених у пунктах 3.7 та 3.8 розд. ІІІ Порядку.
Згідно з п. 3.8 Порядку у графі 8 «Ознака податкової соціальної пільги» відображається ознака податкової соціальної пільги згідно з довідником ознак податкових соціальних пільг, наведеним у додатку до цього Порядку. Графа 8 заповнюється тільки для фізичних осіб, які мали пільги щодо податку у звітному періоді згідно із законодавством за місцем отримання основного доходу. За відсутності у фізичної особи пільг у звітному періоді у графі 8 проставляється прочерк. При заповненні графи 8 слід враховувати ту ознаку пільги, яка відповідає нарахованому доходу. Допускається наявність кількох рядків з однією ознакою доходу тільки у разі наявності у фізичної особи кількох ознак пільг за такою ознакою доходу (наявність різних пільг у кожному з трьох місяців кварталу).
Отже, у разі якщо в одному з місяців кварталу працівник не мав права на отримання податкової соціальної пільги, то в податковому розрахунку за ф. 1ДФ заповнюють лише один рядок, в якому зазначають відповідну ознаку пільги.