1. Необходимо обратится в налоговую и посмотреть, что у Вас по лицевому счету. Когда конкретно поступили деньги со счета в Казначестве. Потом посмотреть на счет в Казначестве. Возможно, Вы путаете сумму, на которую можно зарегистрировать НН и сумму, которая живыми деньгами была оплачена на счет в Казначестве. Если у Вас все в порядке то шаг второй
2. Чтобы выписать штраф, они должны составить акт, Вам вручить, после этого выписываете налоговое-уведомление решение, Вам вручить. Если у Вас все в порядке, то Вы акт подписываете с возражениями. В возражениях описываете, что декларация подана во время - приложение квитанция №2, налоги оплачены во время - приложение копии платежек или квитанций, и поэтому Вы просите пересмотреть результаты акты. Если они все таки выписывают НУР, то тогда идти в суд и выигрывать.
В критической ситуации вы не подниметесь до уровня своих ожиданий, а упадете до уровня своей подготовки (с)