при виправлені помилки по індексації(донарахування) за минулі періоди потрібно нараховувати пеню чи штраф по фондам ?якщо так, то які?

ні

__________________________________________

У кождого в руках тяжкий залізний молот,
І голос сильний нам згори, як грім, гримить:
"Лупайте сю скалу! Нехай ні жар, ні холод
Не спинить вас! Зносіть і труд, і спрагу, й голод,
Бо вам призначено скалу сесю розбить."

какое наказание за то , что индексация не насччитываеться?

штрафов по фондам нет, ведь вы ее начислите в этом периоде и налоги и фонды насчитаете в этом периоде. А вот на счет компенсации сотрудникам за невовремя выплаченную индексацию надо подумать...