При комплексной проверке налоговики насчитают штраф в 50% за сокрытие налога за 1 квартал (если возьмут на проверку в период более 5 кварталов). Можете подать уточняющий расчет в любой день и заполнить там только одну строку, ту в которой отражается сумма штрафа 5 процентов (ее вводят в "ручном режиме"; это так, к сведенью, если в "едином окне" удивит, что заполнена одна строка, пришлось с таким столкнуться). Главное, чтобы уплатили ее о подачи этого уточняющего расчета, ну и, естественно, до проверки.