Если отчёт был сформирован в старой версии, а потом версию обновили, нужно по новому формировать отчёт месячный или тот сформироан раньше , автоматически обновился?

нет , если вы сделали и выгрузили , то он в старой разумеется

ну мы вручную вбили данные в старой версии, а потом сделали обновление программы. Что нужно удалять отчёт и заново вбивать?

вбивать не надо, заново сформировать и выгрузить на диск там или флэшку

Отчет обновился автоматически, только на магнитный носитель скидывайте уже обновленный..