за июнь НДС был несвоевременно оплачен, возникает штраф в размере 10 % и пеня в размере 0,1 % за каждый день просрочки, нужно ли указывать эти суммы в декларации за июль?

нет
они начисляются и оплачиваются согласно налогового уведомления-решения, принятого на основании акта камеральной проверки