все зависит от того, что написано в вашем положении о филиалах.
если они имеют право на выплату заработной платы и ведение хозяйственной деятельности - то отчетность и уплата налогов происходит по месту нахождения филиала.
так же вы можете платить консолидированный налог.
но для этого необходимо подать заявление в налоговую.
( если мне не изменяет память до 01 июля - тогда вы в сл. году рассчитываете консолидированный налог)
если филиал с ведением хоз.деятельности - но без права на выплату з/п - то:
по месту нахождения филиала платиться НДФЛ и прибыль
ЕСВ по месту нахождения головного офиса.
также по месту нахождения филиала платятся местные налоги.
ну и отчетность...
по месту нахождения филиала: 1-ДФ, прибыль...