К одной ведомости 2 платежки не привяжется, то есть привяжется, но так и будет делать -> задваиваться.
Если надо думя частями проплатить ПДФО, сделайде документ зарплата к выплате, заполните его, и на первой внизу закладке все сотрите, а на 2-й там где как раз ПДФО удалите часть сотрудников чтоб набрать нужную сумму ПДФО, и внесите платежку на основании такой ведомости.
Потом когда будете перечислять оставшую часть ПДФО, 1с-ка при автозаполнении второго документа зарплата к выплате сама подберет тех сотрудников по которым еще не было сплачено.