Как правильно оприходовать затраты на создание НМА через счет 1542 ? Две отдельных услуги, дадут в сумме одно НМА. Провела аналогично ОС как объекты строительства, но тогда "Принятие к учету" не дало совпадающих субконто.

Принятие к учету НМА вид операции объект строительства.

А можно как-то в приходе избавится от "Статья затрат"? Какие еще затраты, если это НМА? Потом в "Принятие к учету" статей затрат нет.

Нельзя, это и не совсем логично.
Например у нас есть ряд клиентов которые сами изготовливают НМА, потом продают роялти.
Им важно анализировать данные затраты по статьям...