По всей вероятности речь о налоговом кредите.
Два варианта:
1) константа "Проводку по НДС делать по налоговой накладной (при покупке)" - нет
при первом событии "получение товаров или услуг" - д-т 6415 к-т 631 (или счет другой взаиморасчетов)
при первом событии "предоплата " - д-т 6415 к-т 6441.
2) константа "Проводку по НДС делать по налоговой накладной (при покупке)" - да
тут ведем учет по счету 6442 - "Неполученные налоговые накладные"
при первом событии "получение товаров или услуг" - д-т 6442 к-т 631 (или счет другой взаиморасчетов)
при первом событии "предоплата " - д-т 6442 к-т 6441.
и только док. "Запись в книгу приобретения" - д-т 6415 к-т 6442
по авансовым отчетам проводка всегда на 6415, для соответствия таких проводок с реестром налоговых накладных, создаем "Запись в книгу приобретения" с видом документа "Чек", тогда у документа нет проводок.
ИМХО, лучше второй вариант.