То-есть как по существу? Описать как вводить документы?
Если в 7-ке:
1) В банк.выписке проводите оплату, в строку Заказ добавив Приходную накладную (потом дату и номер самого документа поправите)
2) Получив товар+док-ты - заполняете и проводите уже созданную ранее накладную. Возможно надо будет ввести сумму предварительной оплаты на дополнительной вкладке.
3) На основании приходной вводите налоговую.
4) В конце месяца Обработкой перепроводите все док-ты (на всякий случай) и проверяете "хвосты" по бух.счетам.
В 8-ке по-любому подвесится условный договор, если он Вам не нужен, выбираете расчет по расчетным документам - получится учет по заказам. И придется потом лишний раз пройтись по всем документам выбирая Расчетный документ и Документ оплаты.
Можете оставить расчет "По договору в целом" и все будет в одной куче, без заказов.
В отличие от 7-ки в платежном поручении Заказ будет не нужен, приходную создаете как обычно, налоговую на основании приходной. Все.
Если вначале приходная, потом оплата, то проблем вообще нет.
Но перепровести все в конце месяца все равно советую.