Подскажите какой центр сертификации ключей выбрать.
ИВК
Укр.сертификац. центр
Арт-Мастер
Укр. спец. системы
Укр. националь. информац. системы

Разница между ними всего лишь в том, с каким ПО будете работать.
Вы же не собираетесь брать ключи отдельно от ПО? ><

а ПО, как я понимаю берется в налоговой?

это вы наверное имеете ввиду ОПЗ, Бест-Звіт или АРМ? Тогда посоветуйте с каким ПО лучше и удобней работать.

Вы правильно поняли, выбор собственно небольшой.
Эта тема вот здесь, например, обсуждается [club.dtkt.com.ua]
Насчет совета. Как понимаете, это на суд того, кто хорошо знаком с функционалом обоих (прямо скажим, их только два) разработчиков.
В указанной выше ветке обсуждались + и - программ от пользователей, которые с ними работают.
Выбирать Вам.

Спасибо