Підскажіть будь ласка, якщо за другий квартал не здана "податкова декларація збору за спеціальне використання поверхневих та підземних вод", чи потрібно її зараз здавати а потім за третій квартал.?Можливо краще тільки за третій?

Эта Дека формируется не поквартально, а наростающим :
-за 1 квартал
-за полугодие
-за 9 месяцев
-за год
Т.е. сейчас надо подавать Деку за 9 месяцев.
Если сейчас подадите Деку за полугодие - будет штраф.
Не знаю, подавали ли Вы за 1 квартал и нужно ли было Вам ее подавать.
Но если сумеете доказать проверяющим, что воду не использовали в первом полугодии, и сейчас подадите Деку за 9 месяцев - все будет ОК.

Те що з наростаючим я знаю. За перший квартал здавали, за півріччя не здали а треба було.