Делаете доп.соглашение к договору, что-то типа соглашения, что первая оплата через полгода. В момент выплаты (25 октября например) начисляется НДФл и Военный Сбор(за пол года) (и уплачивается в бюджет) .
в 1 ДФ за 4 квартал указываете (например аренда 100,00 грн.)
Начислено 100,00*6=600,00 .
Выплачено 100*6=600,00
Налог Начислено 600*18%=108,00
Налог Выплачено 108,00
ВС = 9,00
Следующие оплаты аренды делайте вовремя (в день выплаты, оплата налогов)