Да как Вам удобно, так и проводите, это ж ФОП. Мой ФОП, например, картой-ключом расплачивается за товар, а так же снимает оттуда наличные. Я это все провожу в кассу на 301, т.к. мне не интересно, за что и куда он там расплачивался. Делаю это для того, чтоб у меня остаток по банку в 1С сходился, а из кассы по концу года списываю.
Только учтите, если ФОП на ЕН положил личные средства на р/с, налоговики считают это доходом, их нужно в книгу записывать. А снятие налоговикам не интересно.