1) Естественно должны совпадать. Подпись хоть и электронная, но ведь подпись. Если за Вас расписался директор, то это конечно нехорошо.
2) Правильно сделал, что вернул. Только непонятно, была ли регистрация в ЕРПН, или документ предварительно согласовывался. В первом случае корректировка, во втором просто исправляете нужное, снова отправляете на утверждение и при положительном решении, - регистрируете в ЕРПН.
3) В смысле "регистрировать в Медке"? Документы регистрируются в ЕРПН, а не Медке. Последний - средство криптографической защиты документа. Нет, отчетность с контролирующими органами по электронке - исключительно с использованием ЭЦП аккредитованных АЦСК.