Какие файлы из каких папок можно удалить. Программа эксплуатируется с 2013г и стала очень объемная.

Никакие не удаляйте. Это же не файловая база данных, - документы хранятся в базе, а не файлах.
Оптимальное решение, - сохранить резервную копию, и начать с чистого листа, установив новый Медок и завести новую "Карточку предприятия".

Спасибо за совет. Придется чистить что-нибудь другое.

Inkognito
Вот только как потом что-то посмотреть в этой резервной копии, если будет нужно? Не снесет ли она новую при восстановлении?
АС
Можно чистить папку с резервными копиями. Недавно глянула, а у меня там еще 2013 год есть, а ведь он уже давно не нужен.

Естественно, что при необходимости восстановить РК, ее нужно восстанавливать на другом Медке.
Лучше всего конечно поудалять ненужные отчеты, если они еще не были отправлены. Почитстить Корзину в реестре первичных документов.
П.С. поставьте флажок в настройках при создании резкопии "Сохранять последние Х копий" (например, 5 шт). И они всегда будут актуальными. Остальных не будет, это позволит экономить место на резкопиях.