Всё правильно Блик написала. 020 и 022 объединяете и вводите в графу "пошлина". Когда проводите всё, что относится к ГТД, в т.ч. транспортные услуги до границы (они тоже в ГТД выделены), формируете проводки по этому документу или выводите на печать и смотрите что с НДС. Графой Доп.издержки ПДВ регулируете эту сумму, чтобы она совпадала с 028 из ГТД.
А потом документом "расходы на приобретение", который введён на основании этой приходной накладной, вводите дополнительные затраты по этой поставке. Транспорт по Украине, услуги брокера, тара, сертификация (если есть) ну и всё, что должно себестоимость продукции увеличить.
Ну и Запись книги приобретения обязательно не забыть, по другому эта сумма в декларацию не попадёт.