Можно ли платить меньше чем в договоре или нужно делать договор на меньшую сумму?

Можно ли платить меньше чем в акте выполненных работ или нужно делать акт выполненных работ на меньшую сумму?

Не очень понятен вопрос. Конечно, можно платить меньше, а доплатить позже. Или у Вас изменяется сумма договора? Тогда либо переделывать договор, либо подписывать допсоглашение об изменении цены.

Можно, если согласно договора у вас такое прописано, иначе нельзя.