Стороной договора должно быть юрлицо (не филиал), а уж подписывать может любое другое лицо (директор филиала, в том числе), если у него есть соответствующие полномочия.
Обычно, указывают реквизиты сторон, а как я уже писала, стороной будет юрлицо. Но я не вижу особо больших проблем, если в договоре указали реквизиты филиала...Тут просто нужно понимать, какая связь между исполнением обязательств по договору и указанными реквизитами.