Было у меня такое много лет назад. Предприятие занесли в черный список, заблокировали электронку, отчеты бумажные принимали, а потом признавали по камералке не сданными по надуманным причинам. Иногда тупо додатки подменяли копиями и писали, что нет живой печати. По электронке с этим сложнее, но я к чему? Процедура не признания должна быть соблюдена.
Ну и если поданная декларация признается непринятой, значит она как бы и не подана, нужно подавать звитну. И штраф будет, если срок подачи уже прошел, но только после того, как подадите декларацию снова. До подачи декларации с опозданием не штрафуют.