якщо ТОВ на загальній системі не подавало підтвердження до держреєстратора з 2004 року, чи може Держреєстратор його самостійно зняти з реєстрації?

**********************
а пряний вечiр так пахне...

Підтвердження відомостей про юридичну особу

Юридична особа не пізніше 13 місяців з дня подання (надіслання рекомендованим листом) останньої реєстраційної картки, що містить відомості про юридичну особу, зобов'язана подати (надіслати рекомендованим листом) державному реєстратору реєстраційну картку встановленого зразка про підтвердження відомостей про юридичну особу за формою, затвердженою наказом № 54.3*

У разі неодержання реєстраційної картки про підтвердження відомостей про юридичну особу в установлений строк, якщо до Єдиного державного реєстру не внесено запис про відсутність юридичної особи за її місцезнаходженням, а також у разі одержання державним реєстратором від органу державної податкової служби повідомлення встановленого зразка про відсутність юридичної особи за її місцезнаходженням державний реєстратор зобов'язаний у строк, що не перевищує 10 робочих днів з дати, встановленої для подання реєстраційної картки про підтвердження відомостей про юридичну особу, або з дати одержання повідомлення від органу державної податкової служби, направити рекомендованим листом юридичній особі повідомлення про необхідність подання державному реєстратору реєстраційної картки про підтвердження відомостей про юридичну особу.

У повідомленні слід зазначити підставу його надіслання, останню дату одержання державним реєстратором реєстраційної картки від юридичної особи або найменування органу державної податкової служби, який надіслав повідомлення про відсутність юридичної особи за її місцезнаходженням, та дату цього повідомлення.

У разі повернення до державного реєстратора рекомендованого листа з відміткою відділення зв'язку про відсутність юридичної особи за зазначеною адресою або неподання юридичною особою протягом місяця з дати направлення їй відповідного повідомлення реєстраційної картки про підтвердження відомостей про юридичну особу державний реєстратор повинен внести до Єдиного державного реєстру запис про відсутність юридичної особи за її місцезнаходженням або запис про відсутність підтвердження відомостей про юридичну особу.4* 

При цьому відповідно до частини сімнадцятої ст. 11 Закону № 509-XII органи державної податкової служби мають право звертатися у передбачених законом випадках до судових органів із заявою (позовною заявою) про скасування державної реєстрації суб'єкта підприємницької діяльності.

Ви маєте на увазі, що ТОВ не подавало форму № 6?
А від держреєстратора ви отримували повідомлення про те, що потрібно підтвердити?
Вам повинні були відправляти.
Далі все залежить від того, яка доля цих повідомлень

Держреєстратор може:
У разі повернення до державного реєстратора рекомендованого
листа з відміткою відділення зв'язку про відсутність юридичної
особи за вказаною адресою або неподання юридичною особою протягом
місяця з дати направлення їй відповідного повідомлення
реєстраційної картки про підтвердження відомостей про юридичну
особу державний реєстратор повинен внести до Єдиного державного
реєстру запис про відсутність юридичної особи за її
місцезнаходженням або запис про відсутність підтвердження
відомостей про юридичну особу.


Т.т., є два варіанти: реєстратор вносить запис про відсутність за місцезнаходженням або запис про відсутність підтвердження.
Перший запис є підтсавою для державної рестрації припинення.

останній абзац п 2 ст.38 Закону про реєстрацію

наявність в Єдиному державному реєстрі запису про відсутність
юридичної особи за вказаним її місцезнаходженням.

А система оподаткування та ОПФГ ролі не грають

Для чого? Ви ж запитуєте про неподання відомостей реєстратору