Товар отгружен в марте. В июне наступает срок оплаты. Стороны заключили доп. соглашение к договору купли-продажи, где изменили цену и стоимость отгруженного товара.
Все ли правильно с юридической точки зрения, можно ли так делать?

Правильно. Если конечно в договоре не было, что цену нельзя менять - тогда надо менять вместе с этим пунктом.
По бухгалтерии еще рекомендую протокол изменения цены по конкретной расходной, чтобы к корректировке НДС и ВД приложить. Ведь сами договора как правило не задействуют при проверках.

Спасибо, brick!