Согласна с Sleshyi.
Я в таких случаях поступала так:
1. Составляла с покупателем акты сверок отдельно по каждому договору.
2. Составляла соглашение о расчетах (взаимозачете задолженностей), в котором описывала ситуацию (кто за что кому должен) и договариваемся о зачете каких сумм на какой договор.
3. Как результат, датой соглашения выписывала расчет коррект. к налоговым накладным.
Обычно, все 3 документа в 2-х экз каждый с текущими датами (акты, соглашение и розрахунок коригування) с просьбой о возврате 1-го отправляла письмом контрагенту.
Может, много здесь лишнего, но от контрагента писем не дождешься тогда, когда тебе именно нужно - то забудут, что их просили, то пришлют не с тем текстом, то не тогда. А потом, вдогонку еще и печать на корректировке ждать-переждать....