На автоматизации на такие вопросы не ответят, не их профиль.
Для учета абсолютно все равно, откуда и куда вводить в эксплуатацию. Можно и приходовать не на склад, а сразу на МОЛ, если так удобнее. И то, что Вы вводите в эксплуатацию со склада на МОЛ, не является препятствием для оформления внутреннего перемещения, его же можно и вручную сделать, и в программе не проводить. А вообще непонятно, зачем оно завскладом потребовалось. В акте ввода есть пункты:
що приймається (передається) в експлуатацію від_____
У момент приймання (передачі) об'єкт знаходиться в ______
Если там заполнить ФИО завскладом и склад, этого достаточно. Если завскладом нужна бумажка, чтоб с себя списать, дайте ему копию этого акта.