Можливість такого заліку закріплено положеннями п. 11.17 Інструкції про порядок обчислення і сплати страхувальниками та застрахованими особами внесків на загальнообов'язкове державне пенсійне страхування до Пенсійного фонду України, затвердженої постановою правління ПФУ від 19.12.2003 р. № 21-1.
Одним із найперших роз'яснень з цього питання є лист ПФУ від 19.03.2004 р. № 2645/04, де зазначається, що
«...частина сум єдиного та фіксованого податків зараховується в рахунок сплати страхових внесків, нарахованих страхувальником у встановлених законодавством розмірах... на суми фактичних витрат на оплату праці (грошового забезпечення) працівників...
Зарахування здійснюється на підставі платіжного документа, який підтверджує сплату єдиного або фіксованого податку (завірені органом Пенсійного фонду копії платіжного доручення, квитанції (другий примірник прибуткового документа) або іншого документа, що є підтвердженням про внесення готівки у відповідній платіжній системі), поданого платником одночасно з поданням до органів Пенсійного фонду щомісячного розрахунку суми страхових внесків, та даних органів Державного казначейства України або інших фінансових органів про перерахування до бюджету Пенсійного фонду частини сум єдиного та фіксованого податків.
Фізична особа – суб'єкт підприємницької діяльності подає також копію документа, в якому зазначається розмір ставки єдиного та фіксованого податку...
Якщо частина єдиного чи фіксованого податку, що спрямована до бюджету Пенсійного фонду за звітний місяць, перевищує суму нарахованих до сплати страхових внесків за відповідний звітний місяць, зазначена сума зараховується в рахунок сплати страхових внесків наступних звітних місяців».
Звертаємо увагу на те, що про долю переплати щодо розрахунків з фондом, яка виникла при заліку частини єдиного податку, ПФУ пише у листах від 23.11.2006 р. № 15540/03-30 та від 15.10.2007 р. № 16442/03-30, в яких йдеться про можливість зарахування «невикористаних» сум від зарахування єдиного податку у майбутніх періодах.
Однак при цьому Пенсійний фонд висловлює думку щодо неможливості зарахування сум частини єдиного податку, сплаченого у періоді, в якому у платника не було нарахувань внесків. Ця позиція викладена у листі ПФУ від 21.12.2005 р. № 16515/03-30 і повторена у листі Головного управління ПФ у м. Києві від 14.12.2007 р. № 32618/03, а також в консультації, опублікованій в журналі «Вісник податкової служби України» № 11'2008.
Вообще, в Вашем случае проблема в том, что на момент выплаты дохода сумма единого налога не перечислена, соответственно, ПФ недополучил свою часть. Вам нужно или платить ЕН вместе с зарплатой, или брать для расчета перечисленный ранее ЕН.
======================================================================
Все вышеуказанное строго мое ИМХО!