Если исходить из норм Закона (специально пишу с большой буквы), то наличие/отсутствие лицензии у контрагента никакого отношения к Вашим ВВ не имеет. Проблемы могут быть только у лица, которое предоставляло услуги без лицензии.
Строго говоря, для того, чтобы снять ВВ налоговики должны сначала в СУДЕБНОМ порядке добиться признания сделки недействительной. А они вряд ли это смогут сделать, поскольку более чем обширная судебная практика по таким делам говорит о том, что суды недействительными их не признают. За работу без лицензии субъект хозяйствования (предоставляющий услуги) может быть оштрафован (но к Вам это отношения не имеет), но оснований для признания сделки недействительной нет.
Но при существующем беспределе налоговики вряд ли будут обращать на это внимание. Поэтому, если не удастся уболтать инспектора, то отстоять ВВ можно будет только через суд. Стоит ли овчинка выделки - решать Вам.