1. Если дивиденды были за период ранее 2011 года, то действует п. 6 подраздела 1 раздела ХХ НКУ:
"Оподаткування доходів платника податку, нарахованих за наслідками податкових періодів до 1 січня 2011 року, здійснюється за ставками та згідно з нормами, що діяли до 1 січня 2011 року, незалежно від дати їх фактичної виплати (надання)".
Т.е. вы должны были удержать НДФЛ по нормам Закона № 889.
2. Если это дивиденды уже за 2011 год и далее, действует п. 170.5 НКУ.
К сожалению, НКУ не говорит, что можно сделать в случае переудержания. Порядок возврата излишне уплаченных налогов установлен только ст. 43 НКУ. Но этой статьей ваш учредитель не сможет воспользовать потому, что платил налог через налогового агента. А налоговый агент не имеет права вернуть ему излишне уплаченный налог, потому что это не установлено НКУ.
Налоговая на местах говорит, мол, исправляйте ошибку у себя в учете и возвращайте. Многие так и делают, не мороча себе голову. Но не забывайте, что законодательством такой вариант не установлен, потому при проверке возможны варианты доказывания налоговикам, что вы действовали правомерно.