Смотрят как доходы, так и затраты.
Придираются к затратной части: желательно надо собрать оригиналы первички (если еще чего-то не хватает) и просмотреть, чтоб все правильно было оформлено.
Некоторые проверяющие первичку не смотрят, но могут попросить предъявить.
По НДСу проверяют НК (если ФОП-плательщик НДС), а по значительным суммам могут попросить предъявить оригиналы таких НН.
Перепроверьте итоговые записи по Книге, по реестрам первички - чтоб сходилось с декларациями.
Если были какие-то сомнительные операции - пересмотрите и уже сейчас найдите нормативку, чтоб когда спросят - смогли быстро отбиваться.