Вообще-то общесистемник должен иметь всю первичку, которая подтверждает его доходы ( чаще всего это банковская выписка и Книга доходов и расходов), и расходы (это накладные на товар, чеки на приобретение канцтоваров, например, или стройматериалов для ремонта,зарплатные ведомости с табелями, акты амортизации, банковские выписки на кассовое обслуживание и т.п.). Товарные остатки не подтверждают ни доходы, ни расходы, на мой взгляд - это заморочка налоговой, и требовать они такие доки не в праве.