Согласна, это неудобство, что должны быть включены оба компьютера, при чем на удаленном компьютере кто-то должен доступ разрешить. Есть несколько программ для такого доступа. Я пользовалась Ammyy и TeamViewer, они есть в свободном доступе в интернете. На обоих компьютерах должны стоять одинаковые версии программы. Знаю, что в TeamViewer есть возможность удаленного доступа без разрешения с удаленного компа, просто вводом пароля, но я не пользовалась.
Если нужно только отчеты отправлять, можно и с архивами поноситься, но как-то ненадежно это. Были случаи, когда после выгрузки/загрузки в Медке слетали коды КВЕД, пропадала улица из адреса. Плюс ко всему, можно запутаться, начать работать, забыв загрузить данные с другого компа. А еще у меня на рабочем компе два клиент-банка, к одному из которых ключ типа флешки, да и с установкой их на домашний комп проблемы. Вот тут только удаленный доступ спасает, если срочно платежку надо сделать.